No final de 2001, após dois anos inativa, a Jataiense voltou depois de um trabalho de campo do Marquinho Carvalho (então professor de Teatro do Cefet) e articulação do radialista Nilton Moraes, o “Furacão” (Esquadrão 680 da rádio Difusora). O médico Genaldo de Lima Martins se apresentou como candidato a presidente e liderou a primeira diretoria da nova era do clube. Na disputa do Campeonato Goiano da Divisão de Acesso de 2002, que exigia elencos formados apenas por jogadores jovens, a Jataiense sagrou-se campeã e voltou à elite do futebol goiano. Naquele ano foi relevado técnico Roberto Alcântara, o Betão, para o interior. No ano seguinte, em 2003, ainda sob a presidência do Dr. Genaldo, a Jataiense disputou a 1ª Divisão e foi até às quartas de final terminado em 6º lugar. A revelação ficou por conta do goleiro Luiz Almeida. No ano seguinte, em 2004, foi eleita uma nova diretoria e a escolha do novo presidente ficou com o advogado e ex-promotor, Evaristo Anania de Paula. E sob seu comando, a Jataiense fez uma de suas melhores participações terminando em 4º lugar e se classificando para o Brasileirão Série C. Naquele ano o time fez história com a dupla de atacantes Sérgio Müller e Borges. Na disputa do Brasileirão, a Jataiense terminou na 55ª posição entre 60 participantes. No ano seguinte, em 2005, novamente sem diretoria, o clube teve de apelar ao ex-diretor de futebol, Roberto Fissore para assumir a presidência. Sob o comando de Fissore, a Jataiense disputou o Goianão e ficou em 9º lugar. No ano seguinte, em 2006, ainda sob a presidência de Roberto Fissore, a Raposa do Sudoeste disputou e terminou em 5º lugar se classificando, novamente, para o Brasileirão Série C. O destaque foi para o veterano técnico João Francisco. Na disputa do nacional, o time terminou 29º lugar entre 64 participantes. No ano seguinte, em 2007, foi eleita uma nova diretoria e a presidência ficou com o produtor rural, Roberto Peres. Sob seu comando, a Jataiense disputou o Goianão e terminou em 10º lugar. No ano seguinte, em 2008, novamente foi preciso eleger uma nova diretoria e o Dr. Evaristo Anania de Paula voltou a ser eleito presidente. Em seu retorno, a Jataiense disputou o Goianão e ficou, novamente, em 10º lugar. No ano seguinte, em 2009, novamente sem comando, o clube precisou eleger outra nova diretoria e recorreu ao advogado e radialista Ayalan Borges (Esquadrão 680 da rádio Difusora) para tomar frente e montar um time para disputar o Goianão. Naquele ano, com o técnico João Francisco, a Jataiense terminou, outra vez, em 10º lugar e acabou sendo rebaixada para a 2ª Divisão. No ano seguinte, em 2010, ainda sob o comando de Ayalan Borges, a Raposa do Sudoeste disputou a divisão de acesso e terminou em 4º lugar não conseguindo voltar à divisão de elite. No ano seguinte, em 2011, o clube precisou, novamente, dos trabalhos dos radialistas, Nilton Furacão e Genilson Pereira (equipe de Esportes da Mundial/Transamérica FM) para articular a formação de uma nova diretoria. Então, com o chamado “grupo de notáveis” do empresário Gilmar Moura, foi eleito Genilson Pereira para ser o novo presidente. A Jataiense disputou a divisão de acesso com o técnico Luiz Carlos Winck e terminou em 7º lugar permanecendo rebaixada. No ano seguinte, em 2012, ainda sob o comando de Genilson Pereira, a Raposa disputou a divisão de acesso, mas teve problemas sérios no meio do caminho e terminou em último lugar com apenas três pontos sendo rebaixada para a 3ª Divisão. Com entraves administrativos, o clube resolveu ficar na inatividade por mais de quatro anos e, em 17 de abril de 2017, graças a articulação do desportista e radialista, Leandro Pedrosa (rádio Sudoeste FM), a Jataiense conseguiu eleger uma diretoria tendo o jovem vereador Thiago Maggioni como o novo presidente.